Si lo que necesitas es hacer una instalación nueva de Windows 9x sin perder los demás archivos de datos, considero que el comando format no te ayudará en lo absoluto, al contrario.

Para "formatear" Windows 9x (entiéndase hacer una reinstalación "limpia") debemos hacer los siguientes pasos:

Iniciando en equipo en modo DOS...

1.- En el directorio Windows renombrar el archivo win.com a win.org.

Esto es para que el proceso de instalación no detecte que Windows ya está instalado en el disco duro.

2.- Renombrar la carpeta Windows a winsystem.org (por ejemplo).

Esto es para que la nueva instalación la haga en un directorio llamado Windows y así todas las referencias de la nueva instalación apunten a ese directorio, evitando encontrarse con los archivos y registro del Windows viejo.

Con estos sencillos pasos haremos que Windows no esté (sin borrarlo) instalado en nuestro sistema.

La valiosísima ventaja es que no perdemos la instalación anterior, pudiendo revertir los procesos fácilmente, pues luego de la instalación, si queremos trabajar con el Windows anterior, sencillamente renombramos la carpeta de Windows a win.new y luego renombramos la carpeta win.org a Windows, recuperando de forma fácil la instalación anterior.

Muy útil si necesitamos hacer una instalación nueva y no tenemos los drivers de los dispositivos, pues en el paso que la instalación está detectando los dispositivos, cuando pida por los disquetes, apuntamos a c:win.orginfothers y encontrará el archivo de información de ese dispositivo, con lo que luego, cuando pida los archivos, apuntamos a c:win.orgsystem o la ruta respectiva.